（一）推进医药卫生体制改革；贯彻落实国家和省、市卫生工作方针、政策、法律、法规和技术标准，拟订全县卫生改革与发展战略目标、政策措施，拟定全县卫生事业发展规划和工作计划，并组织实施和监督检查。
（二）贯彻实施国家基本药物制度、药品法典和国家基本药物目录，贯彻国家药物政策，组织实施全县的国家基本药物采购、配送、使用。
（三）承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任。贯彻执行国家食品安全标准和食品安全地方标准。
（四）统筹规划、协调和管理全县卫生资源配置，指导区域卫生规划的编制和实施。
（五）组织制定并实施农村卫生发展规划和政策措施，负责新型农村合作医疗的综合管理。
（六）制定社区卫生、妇幼卫生发展规划和政策措施，规划并指导社区卫生服务体系建设，负责妇幼保健的综合管理和监督。
（七）负责疾病预防控制工作，贯彻落实国家免疫规划及政策措施，制定实施重大疾病防治规划与策略，协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，按规定发布法定报告传染病疫情信息。
（八）负责卫生应急工作，制定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估，指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，按规定发布突发公共卫生事件应急处置信息。
（九）贯彻国家促进中医药事业发展的法律法规，制定中医药中长期发展规划，负责指导全县中医医疗、教学和科研工作。
（十）指导规范卫生行政执法工作，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理，负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理，负责传染病防治监督。
（十一）负责医疗机构医疗服务的全行业监督管理，落实医疗机构医疗服务、技术、医疗质量管理的政策、规范、标准，组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。
（十二）组织拟订基本公共卫生服务均等化政策措施，制定并指导实施基本和重大公共卫生服务项目制度，协调推进基本公共卫生服务均等化工作。
（十三）组织制定医药卫生科技发展规划，实施重点医药卫生科研攻关项目，参与制定医学教育发展规划，组织开展继续医学教育和毕业后医学教育工作。
（十四）指导卫生人才队伍建设工作，拟订全县卫生人才发展规划，会同有关部门组织实施卫生专业技术人员资格标准。
（十五）负责全县保健对象的医疗保健工作，负责重要会议与重大活动的医疗卫生保障工作。
（十六）开展卫生系统行业作风建设，纠正行业不正之风，抓好部门廉政建设和效能建设。
（十七）承担县爱国卫生运动委员会的具体工作。
（十八）承担县红十字会的具体工作。
（十九）承办县政府交办的其他事项。

根据上述职责，县卫生局内设6个职能股室。 
（一）办公室（党委办公室与之合署办公）；
（二）医政科教中医药政股；
（三）妇幼保健股；
（四）疾病预防控制和卫生监督股；
（五）卫生应急办公室（另挂县突发公共卫生事件应急指挥中心的牌子）；
（六）规划财务统计股；
红十字会办公室，为县红十字会的办事机构。